Συγγραφέας: Διαμαντόπουλος Νικόλαος
Λέξεις Κλειδιά: Λογικός προγραμματισμός με διαχείριση περιορισμών, Βιοπληροφορική, Αναδίπλωση πρωτεΐνης

Σύνοψη: Η κατανόηση των μοριακών μηχανισμών της ζωής απαιτεί την αποκωδικοποίηση των λειτουργιών που εκτελούν οι πρωτεΐνες σε έναν οργανισμό. Δεκάδες χιλιάδες πρωτεΐνες έχουν μελετηθεί τα τελευταία χρόνια σε στόχο την εύρεση της τρισδιάστατης δομής τους που στην ουσία καθορίζει και την λειτουργία τους. ΠαρΆ όλα αυτά οι πειραματικές μέθοδοι που χρησιμοποιούνται παρότι είναι ακριβείς μέθοδοι είναι ακόμα ιδιαιτέρως δύσκολες και απαιτητικές σε χρόνο και οικονομικό κόστος. Για το λόγο αυτό επιχειρείται, με υπολογιστικές μεθόδους, να μειωθεί το κόστος της πρόβλεψης της 3D δομής μιας πρωτεΐνης όταν η γραμμική ακολουθία των αμινοξέων που την αποτελούν είναι γνωστή. Η παρούσα διπλωματική εργασία προσεγγίζει το πρόβλημα αυτό ως πρόβλημα βελτιστοποίησης για τη λύση του οποίου εφαρμόζεται μία δηλωτική προσέγγιση σε Λογικό Προγραμματισμό με Διαχείριση Περιορισμών. Η πρόταση βασίζεται σε ένα προσωποκεντρικό κυβικό πλέγμα ως τοπολογικό μοντέλο για την χωροθέτηση της πρωτεΐνης. Χρησιμοποιούνται επίσης πληροφορίες που αφορούν τυχόν δευτερεύουσες δομές που υπάρχουν στην πρωτεΐνη καθώς και άλλα heuristics για να περιοριστεί σημαντικά ο χώρος αναζήτησης. Τα πρώτα αποτελέσματα σε πραγματικές πρωτεΐνες είναι ενθαρρυντικά τόσο όσο αφορά την ακρίβεια και την χρονική επίδοση αλλά και όσον αφορά την κλιμάκωση του προβλήματος.

Αρχείο Διπλωματικής Εργασίας